9月29日，32 支球队将分别落位于长春、连、济南和梅州 4 个赛区，2021赛季足协杯抽签仪式在京进行，每个赛区都有包含东道主在内的 8 支球队。经过抽签，32支球队全落位。其中，天津津门虎进入连赛区，北京国安队将在梅州赛区对阵四川九牛队，首轮的对手是中甲联赛目前排名倒数第三位的北京北体。今年恰逢足协杯 65 ，北京北体队将在连赛区对阵天津津门虎队。
本赛季足协杯将进行5轮共37场淘汰赛，足协官方还特意推出了崭新的足协杯 LOGO，由此前在资格赛中胜出的9支中甲球队、6支中乙球队，本届足协杯此前已进行了预赛阶段的比赛，以及直接晋级的16支中超球队和一支中冠优胜队参赛。按照公布的赛制，最终，本赛季足协杯第一轮至第四轮为集中赛会制。前两轮比赛分在四个赛区进行，9 支中甲球队、6 支中乙球队、1 支中冠球队与 16 支中超球队共同组成了足协杯 32 强。担任 32 强抽签仪式的是前国脚徐亮，分别位于长春、济南、连、梅州，经过他的抽签，每个赛区有一支东道主球队，天津津门虎队落位连赛区，其中连人队、长春亚泰队、山东泰山队和梅县球乡队（中冠）都直接落位在自己的主场；第三轮和第四轮足协杯赛将集中在连赛区进行。根据赛程，第一轮比赛将于10月13日至15日进行；第二轮比赛（1/8决赛）将于10月18日至20日举行；第三轮比赛（1/4决赛）首回合将于10月23日至25日进行，次回合将于10月28日至30日进行；第四轮比赛（半决赛）首回合于11月4日举行，次回合于11月8日举行。
本赛季足协杯决赛将于2022年1月举行，届时中超联赛已经结束，具体日期将视中超联赛情况确定，采取一场定胜负制。最终获得足协杯冠军的球队，将直通2022赛季的亚冠正赛。
值得一提的是，U20国足在中乙赛区中脱颖而出，他们在盐城赛区的最后一轮中淘汰了无锡吴钩队，挺进到了足协杯正赛。这支由成耀东挂帅的国字号球队进入连赛区，首轮比赛将对阵主队连人队。此外，备受关注的广州队进入济南赛区，首轮对手为来自中乙的青岛青春岛队，而一旦他们获胜晋级，将概率在第二轮遇到卫冕冠军山东泰山队，后者首轮的对手为南通支云队。9月28日晚，广州队刚刚宣布与主帅卡纳瓦罗解约，截至目前仍未宣布新帅人选，一线队也未开始集结。
